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精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代已至 基因測(cè)序數(shù)據(jù)分析成為關(guān)鍵

發(fā)表日期:2016-06-27 13:12:43   作者來源:?jiǎn)⑦_(dá)傳媒   瀏覽:4689

  隨著醫(yī)學(xué)技術(shù)提升、就醫(yī)環(huán)境改善,困擾人們的復(fù)雜疾病是否能夠得到更加有效的治療?相關(guān)統(tǒng)計(jì)顯示,針對(duì)城市居民死亡率較高的癌癥(惡性腫瘤)、心臟病、冠心病等復(fù)雜疾病,傳統(tǒng)醫(yī)療方案的治療效果并不佳。據(jù)WIN Symposium公布的數(shù)據(jù)顯示,傳統(tǒng)醫(yī)療在腫瘤治療上用藥無效率高達(dá)75%。人們?nèi)匀徽劇鞍鄙?。因此,立足大?shù)據(jù)、強(qiáng)調(diào)個(gè)性化的“精準(zhǔn)醫(yī)療”勢(shì)在必行。

    通過基因組、蛋白質(zhì)組等技術(shù)對(duì)患者的個(gè)體差異進(jìn)行分析和研究,精確尋找到疾病原因和治療靶點(diǎn),實(shí)現(xiàn)對(duì)疾病和特定患者進(jìn)行個(gè)性化精準(zhǔn)治療——這就是“精準(zhǔn)醫(yī)療”,或許也是未來癌癥等復(fù)雜疾病患者的福音。

    近日,美國(guó)德克薩斯大學(xué)MD安德森癌癥中心生物信息和計(jì)算生物系副系主任梁晗博士接受了艾瑞網(wǎng)專訪。在他看來,“精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代”已經(jīng)到來,隨著基因測(cè)序等關(guān)鍵環(huán)節(jié)的發(fā)展,基于個(gè)體差異的精準(zhǔn)醫(yī)療方案會(huì)逐漸廣泛運(yùn)用到臨床當(dāng)中,提升癌癥等復(fù)雜疾病的治愈率和生存時(shí)間。


從“對(duì)癥下藥”到“對(duì)機(jī)理下藥”

    包括美國(guó)MD安德森癌癥中心在內(nèi)的很多研究發(fā)現(xiàn),個(gè)體之間基因、環(huán)境因素與生活習(xí)慣差異,都會(huì)影響到疾病預(yù)防和處置方式。

    “癌癥具有顯著的個(gè)體差異,具有高度異質(zhì)性。這種異質(zhì)性,導(dǎo)致有些藥物運(yùn)用在不同患者身上,效果會(huì)千差萬別。”梁晗表示,“我們會(huì)發(fā)現(xiàn),單純的‘對(duì)癥下藥’成功率并不高?!?/p>

    因此,“匹配”成為關(guān)鍵。精準(zhǔn)醫(yī)療就是將疾病、患者的差異化因素與藥物、治療手段相匹配的過程,針對(duì)“機(jī)理”下藥,能夠更好地將實(shí)現(xiàn)治療效果。

    在美國(guó)MD安德森癌癥中心,梁晗與他的團(tuán)隊(duì)通過對(duì)大規(guī)模的癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,探尋出個(gè)體基因差異與疾病之間的關(guān)聯(lián),并對(duì)藥品和治療方式的選擇及愈后風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估進(jìn)行了大量的研究。

    “一方面,我們可以對(duì)患者愈后的風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行評(píng)估,制定出匹配度更高的治療策略。如果風(fēng)險(xiǎn)較低,就要避免過度治療;如果風(fēng)險(xiǎn)較高,我們需要積極地實(shí)用一些輔助性治療方法。”梁晗介紹,“另一方面,對(duì)于晚期癌癥患者來說,需要對(duì)靶向藥物進(jìn)行選擇?;蚪M差異信息可以提醒我們選擇怎樣的藥物來更有可能使患者獲得好的治療效果?!?/p>

    在梁晗看來,根據(jù)腫瘤的分子信息,使患者得到更有針對(duì)性的治療,能大大提升疾病的治愈率和延長(zhǎng)患者的存活時(shí)間,這就是精準(zhǔn)醫(yī)療的意義所在。

 “精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代”已經(jīng)到來

    得益于大數(shù)據(jù)分析和研究領(lǐng)域的快速發(fā)展,精準(zhǔn)醫(yī)療也越來越多的受到關(guān)注和重視。在過去幾年里,許多國(guó)家已經(jīng)啟動(dòng)了基因組等精準(zhǔn)醫(yī)療相關(guān)領(lǐng)域的研究和應(yīng)用計(jì)劃。

    2015年初,美國(guó)正式啟動(dòng)了“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”計(jì)劃,推動(dòng)個(gè)性化醫(yī)療的發(fā)展。而2016年初,美國(guó)總統(tǒng)巴拉克?奧巴馬在發(fā)表國(guó)情咨文期間宣布了“癌癥登月計(jì)劃”,并任命副總統(tǒng)拜登牽頭開展這一計(jì)劃。2016年,中國(guó)科技部最新發(fā)布的“國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃”中,精準(zhǔn)醫(yī)療位列國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃首位。此外,英國(guó)、澳大利亞等多個(gè)國(guó)家已經(jīng)啟動(dòng)和推進(jìn)精準(zhǔn)醫(yī)療相關(guān)領(lǐng)域研究。

    梁晗認(rèn)為,精準(zhǔn)醫(yī)療最核心的技術(shù)——基因測(cè)序的研究已經(jīng)進(jìn)行多年,屬于精準(zhǔn)醫(yī)療的時(shí)代也已經(jīng)逐漸到來。

    目前,高通量測(cè)序設(shè)備的廣泛應(yīng)用,基因數(shù)據(jù)量也呈倍數(shù)增長(zhǎng),基因組序列測(cè)序成本大幅下降。2016年5月,艾瑞咨詢發(fā)布《2016年全球二代基因序列行業(yè)投研報(bào)告》中提到,平均每兆數(shù)據(jù)量基因測(cè)序成本和單人類基因測(cè)序成本都有超“摩爾定律”的大幅度下降,2001年人類基因組測(cè)序成本高達(dá)9526.3萬美元,但如今單人類基因組測(cè)序成本已下降到幾千美元。


    測(cè)序成本的降低、分析能力的提升,是否意味著基因測(cè)序在臨床上廣泛應(yīng)用?事實(shí)并非如此。目前,基因測(cè)序的應(yīng)用主要集中在無創(chuàng)產(chǎn)檢和腫瘤診斷治療兩個(gè)領(lǐng)域,在臨床方面并未廣泛應(yīng)用。

    據(jù)梁晗分析,目前基因測(cè)序的工作重心已經(jīng)從繁重的人工測(cè)序轉(zhuǎn)向數(shù)據(jù)分析,而基因數(shù)據(jù)分析和解讀是關(guān)系到基因測(cè)序發(fā)展和精準(zhǔn)醫(yī)療應(yīng)用的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。但是,當(dāng)前基因測(cè)序的數(shù)據(jù)分析主要存在兩個(gè)方面的難點(diǎn),在一定程度上阻礙了臨床應(yīng)用的發(fā)展。

     第一,雖然基因數(shù)據(jù)量規(guī)模不斷擴(kuò)大,但大量數(shù)據(jù)分散在不同的國(guó)家、城市、醫(yī)院,缺乏統(tǒng)一性。這樣分散、游離狀態(tài)的數(shù)據(jù)不利于大數(shù)據(jù)指導(dǎo)下的精準(zhǔn)醫(yī)療研究。數(shù)據(jù)統(tǒng)合和共享是阻礙基因測(cè)序數(shù)據(jù)臨床轉(zhuǎn)化的一個(gè)難點(diǎn)。

    第二,目前的數(shù)據(jù)缺乏標(biāo)準(zhǔn)化,在很多情況下,即便是同一家醫(yī)院,由于生物測(cè)序設(shè)備、軟件甚至流程不同,測(cè)序結(jié)果都會(huì)大相徑庭?!爱?dāng)我們把這種數(shù)據(jù)放在一起,會(huì)出現(xiàn)系統(tǒng)性的偏差?!绷宏险f,“標(biāo)準(zhǔn)化所指的不僅是分子數(shù)據(jù),也包括患者的個(gè)體信息、用藥和愈后隨訪。這些數(shù)據(jù)信息的統(tǒng)一和共享,需要得到解決?!?/p>

    此外,即便基因測(cè)序成本大幅下降,但對(duì)于部分患者來說仍是一筆不小的成本。再加上目前靶點(diǎn)藥物有限,很多醫(yī)生拿到所謂的測(cè)序報(bào)告,所獲得的有效信息也僅有20-30%,對(duì)于臨床診療的意義并不大。梁晗認(rèn)為,當(dāng)基因測(cè)序被有效地推廣起來,越來越多靶向藥物投入臨床試驗(yàn),醫(yī)生從測(cè)序報(bào)告中獲得的有效信息將會(huì)大幅提升,只有這樣基因測(cè)序才會(huì)在臨床上得到廣泛應(yīng)用??梢姡熬珳?zhǔn)醫(yī)療”需要通過對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘,以提高醫(yī)生從基因數(shù)據(jù)中提取有效信息的能力,進(jìn)而提高對(duì)用藥和治療手段的匹配程度。同時(shí),“精準(zhǔn)醫(yī)療”在臨床上的廣泛應(yīng)用,則需要基因測(cè)序價(jià)格進(jìn)一步下降和相關(guān)部門建立數(shù)據(jù)共享平臺(tái)。

“精準(zhǔn)匹配癌癥療法”未來可期

    正如奧巴馬對(duì)“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)計(jì)劃”作出的解讀——“把按基因匹配癌癥療法變得像輸血匹配血型那樣標(biāo)準(zhǔn)化,把找出正確的用藥劑量變得像測(cè)量體溫那樣簡(jiǎn)單”,個(gè)性化的精準(zhǔn)醫(yī)療將引領(lǐng)癌癥等復(fù)雜疾病治療方式的改變,也會(huì)進(jìn)一步提升醫(yī)療效率和患者存活率、治愈率。

    在這個(gè)備受廣泛關(guān)注和重視的領(lǐng)域當(dāng)中,基于精準(zhǔn)醫(yī)療的設(shè)備、應(yīng)用和服務(wù)領(lǐng)域已經(jīng)吸引了大量的研究者和創(chuàng)業(yè)機(jī)構(gòu)。而這些領(lǐng)域也將引領(lǐng)世界范圍內(nèi)精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展。

    梁晗表示,從設(shè)備層面來看,目前二代測(cè)序設(shè)備在通量、準(zhǔn)確度上都有了較大的提高,測(cè)序成本隨之下降,是商用測(cè)序的主流,但從長(zhǎng)遠(yuǎn)來看,隨著更新一代測(cè)序設(shè)備的應(yīng)用和普及,測(cè)序成本將繼續(xù)下降,會(huì)利于基因測(cè)序進(jìn)一步發(fā)展;從服務(wù)層面來看,基因測(cè)序和數(shù)據(jù)分析都是重點(diǎn),數(shù)據(jù)規(guī)模增大、測(cè)序成本降低、測(cè)序能力得到提升,能夠讓測(cè)序結(jié)果有效轉(zhuǎn)化成醫(yī)生可有效解讀的信息;從應(yīng)用層面來看,單細(xì)胞測(cè)序、免疫療法都是精準(zhǔn)醫(yī)療應(yīng)用的方向,目前免疫治療方法已在美國(guó)得到較為普遍認(rèn)可的應(yīng)用,在一定程度上可以使延長(zhǎng)患者存活時(shí)間,甚至可以治愈患者。

    根據(jù)艾瑞咨詢發(fā)布《2016年全球二代基因序列行業(yè)投研報(bào)告》預(yù)測(cè),癌癥的診斷治療應(yīng)用將是基因測(cè)序最具潛力的應(yīng)用市場(chǎng)。

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